Les démarches d'apprentissage proposées supposent au départ tout du moins un supplément de temps et de travail par rapport à l'enseignement habituel, ne serait-ce que parce qu’elles ne s’inscrivent pas dans le cadre " normal ". L’autre difficulté majeure vient du fonctionnement bi ou multipolaire, c’est-à-dire en relation avec des personnes et des instances extérieures au cadre habituel, soumises elles aussi à des contraintes de temps, mais différentes (emploi du temps, rythme journalier, hebdomadaire, par exemple la nature et la fréquence des contrôles des connaissances, les congés). D’où le premier travail qui consiste dans chaque coopération, qu’elle concerne un simple échanges de documents ou qu’elle prévoit une ou deux rencontres d’élèves, d’abord et avant tout à trouver des périodes communes et à harmoniser les démarches dans le temps en fonction d’un échéancier (cf. coopération *).

Pour ce qui est de la gestion du temps au plan interne, à l’intérieur de son propre établissement, les variations sont importantes d'un projet à l'autre, selon les enseignants eux-mêmes, les projets réalisés, le programmes de travail fixé et, bien sûr, la nature du groupe d’élèves qui participe à ce travail, selon qu’il s’agit d’un groupe permanent (classe, groupe de projet, autres) ou d’un groupe constitué uniquement pour la rencontre et provenant de différentes classes. Un travail préparatoire est dans ce dernier cas problématique car aucun temps n’est disponible pour se réunir et a forciori pour travailler ensemble.

Les enseignants qui avaient choisi des techniques * de travail plus complexes et moins bien maîtrisées telles que la vidéo, ont déclaré qu'ils y avaient au début consacré beaucoup plus de temps que pour les tâches habituelles. Tous les enseignants, indépendamment des projets envisagés sont d'accord pour dire que le temps nécessaire à l'information et à la coordination constitue un gros morceau, au moment de la mise en place surtout. Au fur et à mesure que des habitudes de travail nouvelles s'installent, que les enseignants se familiarisent les uns aux autres, le supplément de travail va en diminuant. Tout nouveau thème de travail et toute assimilation d'une nouvelle technique sont inévitablement liés à une phase de tâtonnement et d'adaptation et donc à une " perte de temps " par rapport à des pratiques familières. Il en va de même dès qu’il y a renouvellement de l’équipe et passage de témoin à d’autres collègues (cf. le projet Marseille-Francfort : les acteurs adultes)

En dépit de ces difficultés, les enseignants insistent tous au moment de l'évaluation sur le fait que ce ralentissement du rythme " normal " et ce supplément de travail sont très largement contrebalancés par le regain de motivation * des élèves, leurs réussites, l'évolution positive des rapports entre enseignants et élèves et l'appui apporté par les parents * pour qui cette expérience influe en bien sur l'idée qu'ils se font de l'école (cf. relations publiques *).